Конечно, одни советую отключать Mootools, но зачем же? Ведь много компонентов используют его, да и разработчики joomlaне зря его используют тоже. 

Так тут один выход – совмещать эти библиотеки. Возникает вопрос как? Тут на помощь нам приходит

 jQuery.noConflict();

Использовать его нужно при подключении Вашего стороннего скрипта

<script type="text/javascript" src=".js">jQuery.noConflict();</script>

И еще обязательно использовать это перед тем где Вы подключаете

<jdoc:include type="head" />

Ведь именно здесь joomlaподключить все необходимые библиотеки для себя.

Также можно использовать следующие варианты:

1.  Для jQuery кода вместо $ использовать jQuery

JQuery("divspan").hide();

2.  Вместо jQuery использовать другое имя:

var k=jQuery.noConflict(); 
k("div span").hide();

А теперь давайте копнем, почему же возникает этот конфликт?

При подключении <jdoc:include type=«head» />, мы подключили и mootools. А там система зарезервировала $ за собой. Вот и возникает конфликт из-за пространства имен.

На последок, давайте поговорим про jQuery.noConflict().(очень красиво описано на http://jquery.page2page.ru)

Освобождает переменную $, чтобы избежать конфликтов имен. Метод имеет один вариант использования:

jQuery.noConflict([removeAll]);

removeAll — необязательный параметр типа boolean, при значении true функция освободит все имена переменныых, занятые библиотекой jQuery. По умолчанию, равен false.

Многие другие javascript библиотеки, так же как и jQuery используют $ как имя переменной или функции. Однако, в случае jQuery, $ является синонимом (алиасом) идентификатора jQuery. Поэтому, при освобождении имени $ с помощью jQuery.noConflict() мы не теряем функциональности библиотеки jQuery, посколько можем использовать вместо него jQuery.

<script type="text/javascript" src="other_lib.js"></script> 
<script type="text/javascript" src="jquery.js"></script> 
<script type="text/javascript">   
  jQuery.noConflict(); 
  // Далее может следовать код с использованием $ других библиотек. 
</script><span>  </span>

  К сожалению, отключение идентификатора $ может привести к неправильной работе некоторых плагинов jQuery. Для этого случая существует следующий трюк:

jQuery.noConflict(); 
(function($){   
  // здесь $ будет действовать как алиас jQuery 
})(jQuery); 
// здесь $ будет доступен для других библиотек

То есть, мы можем вернуть алиас $ для jQuery локально — для кода, находящегося внутри функции, заданной указанным образом. Этот трюк можно использовать с методом .ready():

jQuery.noConflict(); 
jQuery(document).ready(function($) {   
  // здесь $ будет действовать как алиас jQuery 
}); 
// здесь $ будет доступен для других библиотек

Можно сделать вывод, если Вы подключаете сторонний скрипт, лучше всего использовать то, что было описано в самом начале. И не париться с заменой имен $ на JQuery или другое через переменную.

Но если Вы пишите свой скрипт, так конечно лучше сразу учесть возможность конфликта и с умом использовать имена и обращения к ним.

Удачи Вам! И помните –

ВСЕ ГЕНИАЛЬНОЕ ПРОСТО НО НЕ ВСЕ ПРОСТОЕ ГЕНИАЛЬНО