Все это ваших кривых рук. Были бы у вас руки прямые — таких проблем не было бы.
Или если бы вы эти 6 лет делали нормальные сайты на joomla и имели бы хотя бы малейшее представление о способах построения ЧПУ ссылок и особенностей работы sh404.

но для того, чтобы делать говносайты — вам этого знать не нужно. От того и все ваши проблемы. Не стоит винить компонент из-за своих кривых рук.