Наконец я нашел заветную кнопку, которая открыла возможность администрирования методов расчета стоимости доставки. В связи с этим выпустил аддон для Joomshopping, тестировал на 3.3.2 и 3.4.2, все работает.

Описание установки и настройки:

1. Скачать аддон и устагновить его через инсталлер JoomShopping. Через джумловский не устанавливается.

2. Если еще не создали новый способ доставки для EMS, то самое время создать его и добавить к нему одну любую цену доставки.

3. Заветная кнопка находится в верхней панели кнопок (рядом с опубликовать, удалить и т.п.) справа и называется «Расширения для расчета цены». Чтобы ее там увидеть надо зайти в «Опции», далее зайти в «Способы доставки», тогда она и появится. Ее следует нажать.

4. В открывшемся списке мы увидим два расширения — StandartWeight и EMS.  В StandartWeight отключить способ доставки, соответствующий EMS, в EMS отключить все остальные способы доставки. В таком случае расширения не будут друг другу мешать.

5. В расширении EMS проставить необходимые значения в наценках и коэффициентах, включить отладку если нужно.

Ну вот и все, Можно проверить работоспособность.

Страница где можно скачать аддон