Надеюсь с выходом J3.0 и релизами всех (хотя бы самых популярных) компонентов, мы вообще забудем, что было когда-то такое недоразумение как sh404 :-)
На самом деле имеет очень важное значение правильная организация структуры сайта. К сожалению не у всех есть чувство меры, и этому не научить — каждый случай индивидуален. Тот же sh404 избавляет от этих проблем, и я сейчас не говорю о «красивых урлах», скорее о их длине.
Не так давно пришлось работать с сайтом, где структура организована так, что вложенность страниц доходила до 7-8 уровней, а при наличии дублей из-за неправильного администрирования и изначально неправильно спланированной структуры эти дубли вообще имели 12-14 уровней вложенности. Естественно длина ссылки просто зашкаливала) Как итог — плохая индексация, поисковые системы очень плохо индексируют вложенность дальше 3-4 уровня.
Что касается нагрузки — еще один пример. Хотя в той же J1.5 имелся встроенный SEF, но это не решало проблем со сторонними расширениями, допустим Virtuemart, и те роутеры, что имелись на тот момент не в полной мере удовлетворяли, приходилось ставить sh404. Сейчас магазин падает при 7-10 активных пользователях онлайн; и если бы не проводилась работа по оптимизации запросов и прочее, думаю, порог был бы еще ниже, увы это сильный тормоз при продвижении подобных сайтов — сейчас, разумеется, приходится все переделывать/переносить — по сути разработка сайта с нуля.
С выходом J2.5 ситуация улучшилась, фактически можно теперь обходится без сторонних SEF компонентов.