На днях столкнулся с проблемой, при верстке шаблона для Joomla 3. Я не использовал Bootstrap, а jQuery хотел подгружать с CDN Яндекса. При начальной верстке все шло гладко, но потом стал замечать, что в секцию <head начали залезать джумловские jQuery и Bootstrap. По подсказке коллег с JF я начал копать в сторону модулей и выявил этих лазутчиков. Они находятся в модулях и компонентов и прячутся за коротенькой строчкой:
JHtml::_('bootstrap.tooltip');
Я нашел эту строчку в модуле mod_breadcrumbs.
Сделал свой шаблон модуля, закомментировав эту строку. И вроде все хорошо, но после установки JoomShopping-а, меня опять встречали эти «незванные гости». Полазив по файлам нашел подобную строчку в файле components/com_jshopping/lib/factory.php на 167 строке и опять закомментировал.
JHtml::_('bootstrap.framework');
Правда в ситуации с модулем я переопределил шаблон, но как быть с JS пока не знаю. Возможно при обновлении (а у меня версия 4.1.0) файл перепишется. Так что если к вам лезут гости — ищем в модулях, компонентах строку: JHtml::_('bootstrap.